Kwartalnik
Polskiego
Towarzystwa
Biochemicznego
Polish
Biochemical
Society
Quarterly


Numer bieżący:
Postępy Biochemii
Nr 2/2017 (Tom 63)

Current number Biochemistry:
issue 1, 2017 (vol.63)



Następny numer: 3/2017 (Tom 63)
w przygotowaniu

Advances in Biochemistry:
issue 2, 2017 (vol.63)




Konformacje białek wielodomenowych i częściowo nieustrukturyzowanych – symulacje i eksperymenty

Conformations of multi-domain and partially disordered proteins – simulations and experiments

 

Bartosz Różycki

STRESZCZENIE Biologia strukturalna zajmuje się badaniem przestrzennych struktur makrocząsteczek takich jak białka, DNA, RNA oraz ich kompleksów w celu wyjaśnienia podstawowych mechanizmów ich działania. Wśród makrocząsteczek stanowiących obecnie największe wyzwania dla biologii strukturalnej są białka, które zbudowane są z kilku odrębnych domen połączonych długimi, nieustrukturyzowanymi odcinkami łańcucha polipepty¬dowego. Białka tego rodzaju pełnią wiele rozmaitych funkcji w organizmach żywych i jednocześnie są wyjątkowo trudne do scharakteryzowania za pomocą konwencjonalnych technik biologii strukturalnej. Ta luka w metodzie poznawczej doprowadziła niedawno do rozwoju tzw. metod hybrydowych, które wykorzystują nowatorskie metody oblicze¬niowe do łączenia danych z różnorodnych, wzajemnie uzupełniających się doświadczeń strukturalnych. Niniejsza praca poświęcona jest implementacji i wykorzystaniu metod hy¬brydowych. Zawiera między innymi szczegółowy opis sposobu, w jaki reprezentatywne struktury wielodomenowych białek uzyskiwane są metodą hybrydową o nazwie EROS (ang. Ensemble Refinement of SAXS).

ABSTRACT Structural biology unravels three-dimensional structures of macromolecules such as proteins, DNA, RNA, and their complexes in the attempt to explain the basic mechanisms of their functions. Among the proteins that are most difficult to characterize structurally are those which have several large domains connected by long, unstructured polypeptide segments. Such proteins perform diverse functions in living organisms and, at the same time, they are very difficult to characterize using conventional methods of structural biology. This gap in the market has recently led to the development of hybrid methods that use state-of-the-art computational tools to combine complementary data from various experiments. This review article is focused on the implementation and usage of such hybrid methods. It includes a detailed description of how representative structures of multi-domain proteins are obtained using the so-called EROS (Ensemble Refinement of SAXS) hybrid method.

Kwartalnik "Postępy Biochemii" jest wydawany z pomocą finansową Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Indeksowany w Medline i Agrolibrex.

"Postępy Biochemii" a quarterly published with financial support of the Ministry of Science and Higher Education of the Republic of Poland. Indexed in Medline and Agrolibrex.

Copyright © by Pawel Pomorski and Polish Biochemical Society 2009-2016